Розгляд між предметних зв’язків в руслі методологічних основ навчання дозволяє бачити в них дидактичну форму загальнонаукового принципу системності. Вони вносять системоутворюючий початок в предметне навчання, забезпечуючи його цілісність, виконують узагальнюючі функції, сприяють підвищенню теоретичного та наукового рівня освіти школярів.

Залучаючи школярів до системного методу мислення, міжпредметні зв’язки розширяють область пізнання, виділяють зв’язки між елементами знань із різних навчальних дисциплін. Це підсилює взаємодію дедукції та індукції, аналізу й синтезу, узагальнення й конкретизації при загальному зростанні шляхів пізнання.